صندوق نوآوری و شکوفایی همواره یکی از اصلی‌ترین موضوعات صحبت فعالان زیست بوم نوآوری ایران در فضای مجازی و رسانه‌ها محسوب می‌شود، با این همه به نظر می‌رسد که در یک سال و نیم اخیر شاخص انتقادات از عملکرد این صندوق با یک شیب تند سیر صعودی یافته است. یکی از اصلی‌ترین انتقادات به صندوق نوآوری، غیرشفاف بودن دریافت کنندگان تسهیلات است. این صندوق از انتشار لیست دریافت کنندگان تسهیلات بسیار ارزان قیمت صندوق طفره می‌رود، انتشار این لیست، این امکان را برای روزنامه نگاران و فعالان این حوزه فراهم می‌کند، که از نبود فساد، زد و بند و استحقاق این شرکت‌ها اطمینان حاصل کنند.